Почему Яндекс не ранжирует субдомены, созданные для геотаргетинга (для разных регионов)?

Коротко — причин может быть несколько. Ниже — список наиболее вероятных и пошаговый чеклист, что проверить и как исправить.

Возможные причины
- Дубли/канонизация. На поддоменах стоят rel=canonical на главный домен или содержимое сильно похоже между поддоменами → Яндекс воспринимает их как один и индексирует только основной хост.
- noindex / X‑Robots‑Tag / redirect. Мета‑тег noindex или заголовок X‑Robots‑Tag, 301/302 редиректы с поддоменов на основной домен, 403/503 и т.п.
- robots.txt. Хотя вы написали что ошибок нет — всё равно проверьте, что YandexBot не блокируется (User‑agent: Yandex).
- Низкое качество/тонкий контент и «дверные» страницы. Если страницы для городов отличаются только парой слов («в Балашихе», «в Домодедово») — это типичный кейс для фильтра за низкое качество/дублирование. Яндекс может не индексировать такие площадки.
- Слабая внутренняя перелинковка и отсутствие внешних ссылок. Поддомены должны иметь ссылки с основного сайта или с внешних ресурсов, чтобы их находил и учитывал поисковик.
- Технические проблемы (DNS, разные IP, ошибки сервера при обращении бота). Иногда хосты на каких‑то конфигурациях отказывают боту.
- Неправильная настройка в Яндекс.Вебмастере. Хотя вы добавили все поддомены — проверьте, действительно ли каждый поддомен подтверждён и у каждого правильно задан регион. Ещё есть «Host:» в robots.txt (Яндексовская директива) — её стоит использовать аккуратно.
- Время и приоритет. Новые поддомены/страницы требуют времени и ссылочной подпитки, чтобы появиться в выдаче.

Чеклист — что проверить первым делом
1. Поиск в Яндексе: site:sub.domain.ru — отображается ли хоть что‑то?
2. В Яндекс.Вебмастере:
   - Поддомен добавлен и подтверждён как отдельный сайт.
   - В разделе «Индексация» / «Страницы в поиске» есть статистика по поддомену.
   - Нет уведомлений о санкциях/ошибках.
3. robots.txt: откройте https://sub.domain.ru/robots.txt и убедитесь, что нет Disallow для Yandex и нет «Host:» с указанием другого хоста, если это не нужно.
4. HTTP‑заголовки и теги:
   - На страницах нет meta name="robots" content="noindex".
   - Нет X‑Robots‑Tag: noindex в заголовках.
   - Нет rel=canonical ссылающихся на основной домен или другой хост.
   - Нет 301/302 редиректов с поддомена на основной домен.
5. Логи сервера: посмотрите, посещает ли YandexBot поддомены (User‑agent: Yandex). Если бот не ходит — проблема с доступностью/сеткой.
6. Sitemap: каждая карта сайта доступна по URL, в Я.Вебмастере принята и показывает количество прочитанных URL.
7. Контент: сравните страницы между поддоменами — насколько они уникальны. Если копии — это причина.
8. Ссылки: есть ли внутренние ссылки с основного домена на поддомены и внешние входящие ссылки на поддомены?
9. Структурированные данные и NAP: есть ли локальные данные (адрес, телефон, схемы LocalBusiness) — это важно для гео‑сайтов.

Рекомендации по исправлению
- Уберите / исправьте все rel=canonical, указывающие не на тот хост.
- Убедитесь, что нет noindex или X‑Robots‑Tag, и что страницы возвращают 200 OK.
- Если содержание поддоменов почти одинаковое — либо сильно уникализируйте контент под каждую локацию (локальные описания, условия доставки, складские остатки, акции, местные кейсы/отзывы), либо объедините в структуру /city/ (подпапки) — Яндекс чаще корректно работает с поддиректориями для геотаргетинга.
- Улучшите внутреннюю перелинковку: ссылка с основного домена/главной страницы на локальные версии, добавьте карты/каталоги по городам.
- Набирайте внешние ссылки и локальные цитирования для каждого поддомена (карты, каталоги, отзывы).
- Подайте sitemap и используйте инструменты Вебмастера для ускорения индексации (проверка URL, запрос переиндексации).
- Добавьте структурированные данные LocalBusiness, телефоны, реальные адреса, режим работы и отзывы — это усилит региональные сигналы.
- Проверьте логи и исправьте, если ЯндексБот получает ошибки.

Если хотите, могу помочь точнее — пришлите:
- Примеры URL поддоменов (по одному‑двум).
- Содержимое robots.txt и пример страницы (html‑заголовки, meta и rel=canonical).
- Скриншоты или данные из Яндекс.Вебмастера (сообщения, статус sitemap, индексированные страницы).
С этими данными смогу указать конкретные проблемы и предложить точечные правки.

Проблем может быть много, но начать стоит с главной: у вас есть физические представительства в этих регионах? Если нет, то рассчитывать на топонимы в контенте не стоит. 
 Яндекс присваивает регионы только при условии, что вы действительно в регионе есть физически и можете это подтвердить. Офис, шоурум, склад - что угодно, где есть телефон, на который можно позвонить, и адрес, куда можно прислать бабушку-толокера для проверки. 
 В вашем случае я бы начал с учёток в Яндекс-Бизнес. Данные с сайта (и в Вебмастере) тут практически бесполезны, поскольку на сайте вы можете написать всё, что угодно, а Яндексу нужна фактура. Он не хочет ранжировать фейковые компании, нерелевантные бизнесы и т.п. 
 И ещё момент: статьи (инфо-интент) на субдоменах не нужны, если не имеют прямого отношения к региону и локального поискового спроса. Тем более, если это копии: они просто будут склеены с канонической страницей на основном хосте.

Множество региональных поддоменов наверное сразу одним махом создали… контент не особо ценный (с точки зрения Яндекса), ссылок из регионов на поддомены нет, поведенческой активности живых людей тоже нет.  В идеале, нужно было по одному поддомену подымать, по очереди. 
 
 Сейчас я бы эксперимент сделал - выбрал один перспективный регион, закупил бы на поддомен контекстной рекламы строго из этого региона  + купил бы пару-тройку новостных размещений на мощных региональных новостниках типа «в нашем городе запустился такой новый, прекрасный магазин» со ссылками на ваш поддомен и через 4-6 недель делал выводы, можно ли таким же способом все остальные поддомены подымать или отказаться от этой идеи вообще. И перестроить структуру сайта -  региональные разделы сделать в подпапках основного домена