При загрузке системы с устройства (в вашем случае — с тома FAT32) содержимое этого тома загружается в оперативную память (ОП). Однако это не означает, что всё содержимое тома загружается в ОП сразу. При загрузке система читает необходимые файлы с тома, но часть данных может загружаться по мере необходимости.
Когда вы выбираете устройство для загрузки (например, ваш том FAT32 с установочными файлами), BIOS или UEFI загружает загрузчик, находящийся на этом устройстве, который затем может загружать и выполнять другие файлы с тома. Чаще всего дергаются прямо установочные файлы операционной системы, требующиеся для начала установки.
Теперь по вашему вопросу о том, можете ли вы очистить диск для установки: да, вы можете это сделать. Обычно в процессе установки системы (например, Windows) имеется возможность удалить, отформатировать и создать новые разделы на диске. Если вы хотите полностью очистить диск, желательно убедиться, что вы выбрали правильный диск в процессе установки, чтобы не потерять данные, которые могут вам понадобиться.
Важно также отметить, что после того, как загрузка началась и система установилась на новый том, все данные на старом диске (или разделе) могут быть удалены при разметке, поэтому убедитесь, что у вас есть резервные копии необходимых файлов.