Проблема с фильтрацией по параметру `CATALOG_STORE_AMOUNT_6` может быть связана с тем, как Bitrix обрабатывает данные о складе и наличием товаров на конкретном складе. Вот несколько шагов и рекомендаций, которые могут помочь вам решить проблему:
1. **Проверьте наличие данных**: Убедитесь, что товары, которые вы ожидаете получить в результате фильтрации, действительно имеют ненулевое количество на складе 6. Вы можете проверить это в админке Bitrix.
2. **Кеширование**: В некоторых случаях проблема может быть связана с кешированием. Попробуйте сбросить кеш сайта и кеш компонента. Это можно сделать в админке Bitrix.
3. **Правильный формат фильтрации**: Убедитесь, что вы используете корректный синтаксис для фильтрации. Для указания условий сравнения используйте правильный синтаксис. Ваш код выглядит следующим образом:
```php
$GLOBALS['arrFilter'] = array(
"PROPERTY_BRANDS" => $brand,
">CATALOG_STORE_AMOUNT_6" => 0,
"!CATALOG_PRICE_13" => false,
);
```
Обратите внимание на то, чтобы вместо `=>` было `=>`.
4. **Проверка прав доступа**: Убедитесь, что у вас есть необходимые права доступа для отображения товаров с указанным параметром.
5. **Используйте отладку**: Попробуйте добавить вывод отладочной информации, чтобы проверить, какие данные фильтруются. Это можно сделать, выводя массив фильтрации или итоговые массивы товаров.
6. **Проверьте версию компонента**: Если у вас старая версия компонента, возможно, в ней есть ошибки, которые могут влиять на работу фильтрации. Попробуйте обновить компонент до последней версии.
7. **Документация и форумы**: Обратитесь к документации Bitrix и форумам, где вы можете найти решения аналогичных проблем других пользователей.
Если перечисленные советы не помогут, возможно, действительно имеет смысл попробовать использовать D7 для выбора необходимых данных из базы. Рекомендуется сделать небольшой тест на выборке данных и сравнить результаты с выводом через стандартный механизм фильтрации, чтобы проверить, в чем конкретно заключается проблема.