Здравствуйте!
Использовать раздел `bitrix/tools` для хранения файлов, связанных с AJAX, не рекомендуется. Этот каталог предназначен для хранения вспомогательных скриптов и инструментов, которые не должны быть доступны публично. Хранение ваших AJAX-файлов там может создать риск безопасности, так как любые внешние пользователи могут попытаться получить доступ к этим файлам.
Для хранения AJAX-файлов, связанных с вашим модулем, лучше всего использовать отдельный каталог в структуре вашего модуля. Например, вы можете создать папку `ajax` внутри вашего модуля и помещать туда все необходимые файлы. При этом следует настроить доступ к этой папке, чтобы только авторизованные пользователи могли выполнять запросы к вашим скриптам, если это необходимо.
Таким образом, структура вашего модуля может выглядеть так:
```
/bitrix/modules/
/your_module/
/ajax/
your_ajax_script.php
/other_files/
```
Не забудьте также обрабатывать в ваших AJAX-файлах необходимые проверки на права доступа, чтобы предотвратить несанкционированный доступ и утечку данных.
Если у вас есть другие вопросы по разработке вашего модуля или архитектуре, не стесняйтесь спрашивать!