Удаление базы данных в вашем случае может происходить по нескольким причинам. Рассмотрим возможные факторы, которые могут вызывать такие проблемы, и способы их диагностики:
1. **Отсутствие постоянного хранилища для данных MySQL**: Убедитесь, что контейнер MySQL использует постоянный том для хранения данных. Вы правильно указали `volumes` в вашем `docker-compose.yml`, но можно проверить, действительно ли данные сохраняются в томе. Для этого выполните следующие шаги:
- Проверьте, что том `mysql_data` создается и правильно привязан к контейнеру:
```
docker volume ls
docker volume inspect mysql_data
```
- После остановки и удаления контейнера MySQL проверьте, остались ли данные в томе, используя команду:
```
docker run --rm -it -v mysql_data:/data busybox ls /data
```
2. **Проблемы с конфигурацией MySQL**: Если MySQL не может корректно инициализировать базу данных из-за проблем с конфигурацией или из-за проблем, связанных с новыми версиями MySQL, они могут приводить к потере данных. Убедитесь, что переменные окружения установлены правильно и следите за логами MySQL. Их можно просмотреть с помощью команды:
```
docker logs yii2-mysql
```
3. **Захватываемая память и ресурсы**: На вашем VDS сервере всего 1 ГБ RAM, и это может быть недостаточно для работы Docker, особенно если вы запускаете несколько контейнеров одновременно. Если сервер начинает использовать своп (swap), это может негативно сказаться на его производительности. Вы можете проверить использование памяти:
```
free -h
```
4. **Состояние контейнеров**: Убедитесь, что все контейнеры правильно работают и не останавливаются. Иногда контейнер MySQL может споткнуться, и вы получите сбой. Проверяйте состояния контейнеров:
```
docker-compose ps
```
5. **Коды ошибок и исключения**: Обратите внимание на любые коды ошибок, которые могут появляться в логах и в процессе работы приложения. На уровне PHP могут быть ошибки, которые приводят к неправильно обработанным запросам к базе данных.
6. **Правило перезапуска контейнера**: С параметром `restart: always` в контейнере MySQL, он будет перезапускаться при сбое, но это не решает основные проблемы. В случае сбоя, вы можете потерять данные, если не настроено постоянное хранилище.
Если вы делали какие-то миграции или изменения в структуре базы данных, проверьте, не вызывают ли они проблемы.
Для дальнейшей диагностики вы можете также рассмотреть возможность использования инструментов мониторинга, таких как Prometheus и Grafana, которые помогут отслеживать использование ресурсов вашего сервера в реальном времени.