Да, вы правильно понимаете.
В коробочной версии Битрикс24 действительно следует использовать как D7, так и старое API для работы с данными. D7 — это более современный фреймворк, который предоставляет ряд удобных инструментов для разработки, поэтому его применение рекомендуется.
Старое API может использоваться для совместимости с устаревшими модулями или для выполнения задач, которые ещё не поддерживаются в D7.
REST API, с другой стороны, в первую очередь предназначен для облачной версии Битрикс24. В коробочной версии его использование ограничено, и доступ к некоторым методам может отсутствовать.
Таким образом, для коробочной версии рекомендуется использовать D7 и старое API, а REST API — в основном для облачного решения.