Прежде всего, давайте рассмотрим несколько возможных причин, по которым PhpStorm может не отображать изменения на сервере при использовании функции "Sync with Deployed To". Возможные причины включают:
1. **Кэширование**: Возможно, PhpStorm кэширует информацию о файлах на сервере. Попробуйте обновить подключение к серверу или очистить кэш PhpStorm.
2. **Настройки FTP/SFTP**: Проверьте настройки подключения к серверу в PhpStorm. Убедитесь, что вы используете правильные параметры (адрес, порт, логин, пароль) для подключения. Могут быть установлены специфические параметры, которые ограничивают доступ или видимость некоторых файлов.
3. **Права доступа к файлам**: Убедитесь, что у пользователя, под которым вы подключаетесь к серверу, есть необходимые права для чтения файлов, которые должны быть синхронизированы.
4. **Изменения файлов на сервере**: Если файл на сервере был изменен внешними способами (например, в результате заражения вирусом или вмешательства стороннего ПО), PhpStorm может не увидеть эти изменения. Может помочь вручную обновить статус файлов.
5. **Вирусное ПО**: Если на сайте действительно присутствует вирус, это может влиять на работу файлами и их синхронизацию. Возможно, некоторые файлы были изменены или повреждены, что мешает PhpStorm правильно определить изменения.
6. **Изменение формата файлов**: Убедитесь, что файлы имеют поддерживаемый формат и не были незаметно переименованы, изменены или повреждены.
7. **Фильтры в PhpStorm**: Проверьте, применяются ли какие-либо фильтры на уровне проекта или конфигурации синхронизации, которые могут ограничивать отображение определенных файлов (например, скрытие бинарных файлов).
8. **Логи и дебаг**: Проверьте логи PhpStorm (Help -> Show Log in Finder/Explorer) на наличие ошибок, связанных с SSH/FTP или синхронизацией. Это может дать подсказки о причинах проблемы.
Если ни одна из этих причин не решает вашу проблему, возможно, стоит проверить сам сервер на наличие вредоносного кода и потенциальных проблем с целостностью файлов. Рекомендуется также обратиться к техподдержке JetBrains, если проблема не разрешается.