Проблема, с которой вы столкнулись, может быть связана с несколькими факторами, когда вы переносите функцию `$APPLICATION->IncludeFile` в комплексный компонент. Вот несколько возможных причин и решений:
1. **Включаемые файлы вне контекста**: Комплексные компоненты могут иметь свои собственные контексты и окружение, а использование `$APPLICATION->IncludeFile` в подобном контексте может не работать должным образом. Попробуйте убедиться, что вы используете этот вызов в правильном месте.
2. **Параметры включаемых файлов**: Убедитесь, что параметры, которые вы передаете в `$APPLICATION->IncludeFile`, корректные. Особенно проверьте путь к файлам и массив с параметрами. Например, если файл не существует или путь указан неверно, это может прервать обработку.
3. **Настройки компонента**: Проверьте настройки вашего комплексного компонента. Убедитесь, что он настроен на использование редактора и что у вас есть все необходимые права для редактирования этих областей. Если компонент не настроен на поддержку редактируемых областей, это может вызвать проблемы.
4. **Правильные идентификаторы**: Убедитесь, что ваши включаемые области имеют уникальные идентификаторы, и что они корректно обрабатываются редактором. Иногда редактор может не видеть изменения, если идентификаторы конфликтуют.
5. **Кэширование**: Попробуйте сбросить кэш вашего сайта. Иногда старые кешированные данные могут мешать корректной работе редактора.
6. **Ошибки в логах**: Проверьте логи ошибок на сервере. Иногда в них могут содержаться подсказки о том, что именно не так в вашем коде или конфигурации.
Если ни одно из предложенных решений не сработало, можно рассмотреть возможность обращения к документации Битрикса или на форумы, посвященные разработке на этой платформе, для получения более конкретной помощи с вашими файлами и настройками.