Да, можно запустить программу безопасно, используя только стандартные потоки ввода/вывода, легковесную виртуализацию или систему изоляции процессов (jail). Это позволит отделить программу от остальной системы, обеспечивая безопасное выполнение.
Для вызова бинарного файла в изолированной и безопасной среде, можно воспользоваться системой контейнеров, такой как Docker или LXC, которые обеспечивают изоляцию процессов и файловой системы. Благодаря этому, программе будет предоставлен доступ к стандартным потокам ввода и вывода, а также она будет отделена от остальной части системы.
Для запуска "злонамеренного" файла в изолированной среде, можно создать контейнер с минимальными привилегиями и ограничениями доступа. Например, можно использовать утилиту jail или обернуть программу в песочницу (sandbox), которая ограничит доступ к ресурсам системы. Важно принимать меры предосторожности и проверять безопасность программы перед запуском.