Существует несколько возможных причин, по которым нода не реплицируется с основной (primary) в кластере MongoDB:
1. Недоступность основной ноды (primary): Возможно, основная нода временно недоступна из-за сетевых проблем или технических проблем. В этом случае вторичные ноды не смогут реплицироваться с основной нодой.
2. Неправильные настройки конфигурации: Возможно, в конфигурационных файлах кластера указаны неправильные адреса или порты основной ноды, из-за чего вторичные ноды не могут установить соединение с ней.
3. Проблемы с репликацией: Возможно, произошли какие-то проблемы с механизмом репликации MongoDB, из-за чего вторичные ноды не могут успешно реплицироваться с основной нодой.
Что касается конфигурации кластера MongoDB с тремя узлами, где RRM-1 синхронизируется с RRM-3, а RRM-3 с PRIMARY узлом RRM-2, а не непосредственно с PRIMARY узлом, возможно это связано с настройками приоритетов и предпочтений репликации. Возможно, такая конфигурация была сделана для улучшения производительности или устойчивости кластера в случае отказа основной ноды RRM-2. Однако, для точного ответа необходимо провести дополнительное исследование конфигурации кластера.