Для настройки автоматического импорта товаров по категориям в системе Битрикс, можно воспользоваться функционалом модуля "Импорт товаров". В этом случае, необходимо создать шаблон импорта, указав соответствия полей из CSV-файла поставщика и полей в каталоге товаров на сайте.
Если товары в CSV-файле не разделены по категориям, можно попробовать добавить дополнительное поле в файле, в котором будут указываться категории, к которым относится каждый товар. Далее, при настройке шаблона импорта, необходимо указать соответствие этого нового поля с категориями в каталоге товаров на сайте.
Также можно воспользоваться API Битрикса для автоматического импорта товаров. Для этого нужно написать скрипт, который будет читать CSV-файл от поставщика, разбирать товары по категориям и автоматически добавлять их в каталог на сайте.
Общепринятых и универсальных способов импорта данных с отсутствием категорий в CSV-файле нет, так как это зависит от особенностей каждого конкретного случая. Необходимо провести анализ структуры данных поставщика и подобрать подходящий способ импорта.