Для добавления элемента во вложенный массив вам нужно сначала получить доступ к самому вложенному массиву, а затем добавить в него нужный элемент. Например:
```python
values = []
date = "2022-01-01"
dimensions_id = 1
nested_array = [date, dimensions_id]
values.append(nested_array)
print(values) # выводит [[date, dimensions_id]]
```
Чтобы изменить код так, чтобы элементы записывались в массив "values" в виде вложенных массивов, вам нужно просто создать новый вложенный массив для каждой пары данных и добавить его в массив "values". Вот пример:
```python
values = []
dates = ["2022-01-01", "2022-01-02", "2022-01-03"]
dimensions_ids = [1, 2, 3]
for date, dimensions_id in zip(dates, dimensions_ids):
nested_array = [date, dimensions_id]
values.append(nested_array)
print(values) # выводит [[date, dimensions_id], [date, dimensions_id], [date, dimensions_id]]
```
Теперь массив "values" будет содержать несколько вложенных массивов с парами данных.