Каким образом определяется себестоимость в отчете о валовой прибыли при создании документа о передаче товара на комиссию?

При создании документа о передаче товара на комиссию, себестоимость определяется исходя из стоимости товара на момент передачи. Это значит, что себестоимость будет равна закупочной цене товара, увеличенной на все дополнительные затраты, связанные с его приобретением и доставкой.

При использовании метода расчета по FIFO (первым поступил - первым продан), себестоимость будет изменяться в зависимости от последовательности поступления товара на склад. При каждой передаче товара на комиссию будет учитываться последняя закупочная цена товара, которая была на момент передачи. Это означает, что себестоимость может меняться в зависимости от того, когда и по какой цене товар был приобретен.

Таким образом, при создании документа передачи товара на комиссию и использовании метода расчета по FIFO, себестоимость будет определяться исходя из последней закупочной цены товара на момент передачи.

Как рассчитывается себестоимость в отчете
 
 Заходите в конфигуратор, открывайте этот отчет и анализируйте алгоритм. 
 
 
при формировании документа «Передача на комиссию»
 
 Сомневаюсь, что у вас настроено автоматическое формирование отчета в момент записи документа, но даже если и так, то это ничего не меняет. Документ согласно своим алгоритмам (заходите в конфигуратор, открывайте и анализируйте) пишет движения в регистры, а далее отчет считывает данные из регистров, так как читать из множества разнородных вариантов документов накладно. 
 
 Но все, что выше - вода и лишь формально правильный ответ. 
 
 Проблема - программа ведет себя неожиданным образом. Причина проблемы - неправильные настройки, неправильная эксплуатация, ошибки в коде. Решение проблемы - это не писать "абстрактные вопросы"! Решение проблемы для специалиста - проанализировать данные и алгоритмы, на основании чего сделать вывод, что все так и должно быть, и дать инструкции по правильной эксплуатации; или обнаружить и исправить корень проблемы. Решение для НЕ-специалиста - обратится к специалисту!