В SQLAlchemy 2.0 миграции проводятся с использованием библиотеки alembic, которая автоматически создает и применяет миграции в базе данных.
Для автоматизации создания миграций при деплое бота можно использовать alembic в комбинации с CLI инструментом. Для этого нужно сначала создать файл alembic.ini, в котором указать настройки подключения к базе данных. Затем нужно создать папку с миграциями и инициализировать ее через команду `alembic init migrations`. Затем можно создать новую миграцию с помощью команды `alembic revision -m "название миграции"` и применить ее к базе данных командой `alembic upgrade head`.
Для удобства можно создать скрипт или Makefile, который будет автоматически создавать и применять миграции при деплое бота. Например, в Makefile можно добавить следующие команды:
```
deploy:
python manage.py db migrate
python manage.py db upgrade
```
Или при наличии скриптов на bash:
```bash
#!/bin/bash
alembic revision -m "new migration"
alembic upgrade head
```
Таким образом, при деплое бота достаточно будет запустить Makefile или скрипт, чтобы создать и применить миграции к базе данных.