Как настроить прокси-сервер, чтобы он работал только для одного определенного сайта?

Да, это можно сделать с помощью программы типа 3proxy на сервере Ubuntu. Вот инструкция, как это сделать:

1. Установите 3proxy на сервер Ubuntu. Это можно сделать с помощью следующей команды:
```
sudo apt-get update
sudo apt-get install 3proxy
```

2. Настройте конфигурационный файл 3proxy (/etc/3proxy.cfg) для работы только с определенным сайтом. В конфигурационном файле укажите прокси-сервер для этого сайта, например:
```
proxy -p3128 -n -a -i<ip_address> -e<site_address>
```

3. Запустите 3proxy с помощью команды:
```
sudo service 3proxy start
```

4. Настройте маршрутизацию трафика через прокси-сервер с помощью iptables. Например, если вы хотите отправлять трафик для указанного сайта через прокси-сервер, то выполните следующую команду:
```
iptables -t nat -A OUTPUT -p tcp -d <site_address> --dport 80 -j DNAT --to-destination <ip_address>:3128
```

Теперь весь трафик для указанного сайта будет проходить через прокси-сервер, в то время как остальной трафик будет направляться напрямую.

например это умеет приложение Nekoray.. там можно задать домены которые должны идти обычно, и которые должны идти внутрь "впн"... там свои протоколы(по сути это прокси клиент) 
 
 но все зависит от настройки сети и от того какой ВПН используется. везде решение будет разное