Для настройки прав доступа для Flatpak приложения, чтобы оно могло открывать файлы в директории /home, можно воспользоваться командой:
```bash
flatpak override --filesystem=/home название_приложения
```
Эта команда добавит доступ к директории /home для указанного приложения.
Что касается проблемы с доступом к системе заметок в домашней директории для приложения Обсидиан, возможно, что в новой версии приложения были изменены настройки безопасности, чтобы предотвратить доступ к некоторым частям файловой системы.
Другая возможная причина может быть связана с тем, что предыдущие права доступа, установленные для приложения, были сброшены или изменены. Возможно, стоит попробовать повторно установить приложение через Flatpak с правами доступа к директории /home.
Если проблема не решается, рекомендуется обратиться к разработчикам приложения для получения дополнительной информации или помощи с настройкой прав доступа.