Почему git начал отслеживать изменения в папке, которая была исключена из индексации?

Возможно, указанная папка или файл был добавлен в индекс ранее, до того как был создан файл .gitignore. После добавления файла .gitignore, Git прекратил отслеживание изменений в папке или файле, который был исключен из индексации. 

Однако, если Git продолжает отслеживать изменения в файле /bitrix, даже после его добавления в .gitignore, возможно, проблема может быть связана с кэшированием или файлами временных данных. Для исправления этой проблемы, можно попробовать выполнить следующие шаги:

1. Сбросить кэш Git с помощью команды `git rm -r --cached .` для удаления всех файлов из кэша Git.
2. Добавить файлы и папки, указанные в .gitignore, заново с помощью команды `git add .`.
3. Закоммитить изменения с помощью команды `git commit -m "Fixed gitignore issue"`.

Если после выполнения этих шагов проблема сохраняется, возможно, следует проверить другие файлы .gitignore, которые могут изменяться или затираться в процессе работы с проектом. Возможно, также стоит обратить внимание на другие настройки Git, которые могут повлиять на игнорирование файлов и папок.

При чем тут вообще gitignore? 
 В статусе же написано modified,  значит эти файлы уже находятся в репозитории и были модифицированы у вас в рабочем каталоге. 
 
 Файл gitignore не позволяет игнорировать изменения! Он поможет игнорировать только новые неотслеживаемые файлы в рабочем каталоге, которые вы ещё не успели ни разу закоммитить. 
 
 Если файл закоммитили, то он становится отслеживаемым навечно и никакой игнор тут уже не поможет. Отслеживание прекратится только если вы этот файл удалите из репозитория.