Да, можно получить сертификат от Let's Encrypt без использования Certbot с опцией --nginx и настройки nginx. Для этого можно воспользоваться альтернативами Certbot, такими как acme.sh или dehydrated.
В случае использования acme.sh, можно выполнить следующие шаги:
1. Установить acme.sh в контейнер Docker и запросить сертификаты с помощью команды:
```
docker run --rm -v "/путь/к/каталогу/сертификатов:/etc/letsencrypt" neilpang/acme.sh --issue -d example.com -d www.example.com --dns dns_cf
```
2. После успешного запроса сертификатов, скопировать их из каталога /etc/letsencrypt на сервер, на котором они будут использоваться.
3. Развернуть сертификаты на сервере вручную или с помощью утилиты для автоматической установки сертификатов, например, cert-deploy.
Аналогичные действия могут быть выполнены с использованием dehydrated. Главное, чтобы при запросе сертификатов указать DNS-01 валидацию и удостовериться, что у вас есть доступ к управлению DNS-записями домена для подтверждения владения им.