При использовании метода crm.deal.productrows.set для указания скидки в процентах, вы должны указать параметр DISCOUNT_TYPE_ID равным значению 2, а затем передать значение скидки в параметр DISCOUNT_RATE. Например, если вы хотите предоставить скидку в размере 10%, то параметры будут выглядеть так:
DISCOUNT_TYPE_ID = 2
DISCOUNT_RATE = 10
Таким образом, в вашем запросе должно быть что-то подобное:
```
$arFields = array(
'DISCOUNT_TYPE_ID' => 2,
'DISCOUNT_RATE' => 10,
// другие параметры
);
$res = CCrmProductRow::Set($arFields);
```
Таким образом, вы укажете скидку в процентах и она должна корректно примениться к вашей сделке.