Каким образом управляются права доступа к файлам на файловом сервере?

Права доступа к файлам на файловом сервере управляются с помощью настроек безопасности, которые определяют, какие пользователи или группы пользователей имеют право на чтение, запись, выполнение или удаление файлов и папок. 

При попытке доступа к \\share1\Папка1 возникает ошибка доступа, возможно, потому что у пользователя нет необходимых прав на эту папку. В то же время, доступ к \\share1\Папка1\Папка2 предоставлен, поэтому пользователь может получить к ней доступ. 

Разграничение прав при использовании сервера с операционной системой Windows, установленной в роли "Файловый сервер", осуществляется через управление разрешениями на файлы и папки, администрируемые при помощи учетных записей пользователей и групп. Каждый файл и папка имеет свои уникальные права доступа, которые могут быть установлены и изменены администратором сервера.

Чтобы обеспечить доступ к конечной папке, если доступ к промежуточной папке отсутствует, можно настроить на сервере разрешения на папку \\share1\Папка1\Папка2 таким образом, чтобы пользователи имели доступ к ней напрямую, минуя промежуточную папку. Для этого нужно установить соответствующие права на папку Папка2 для нужных пользователей или групп.

Как в серверной винде с ролью "Файловый сервер" работает разграничение прав?
 
 Так же, как и везде. Есть права - есть доступ, нет - значит нет. 
 
 
Разве может быть доступ в конечную папку, если на среднюю отсутствует доступ на просмотр?
 
 Для доступа в подпапку не требуется доступ к её родителю. Папку тебе отдаёт сервер - а у него проблем с доступом к файловой системе нет. "Папку я прочитал, но я её тебе не отдам, потому что у тебя прав нету.." 
 
 
Но если я захожу на \\share1 и пытаюсь зайти в "Папка1" то выдается ошибка доступа.
 
 Попробуй из \\share1\Папка1\Папка2 подняться вверх по дереву каталогов - точно так же будет ошибка доступа.

Для доступа в папку вложенную в папку к которой нет доступа, нужны не право на ее чтение, а на траверс папок