Как открыть отдельное окно для выполнения отдельного скрипта на компьютере?

1. Для открытия отдельного окна для выполнения отдельного скрипта на компьютере можно воспользоваться различными средствами программирования. Например, если у вас есть скрипт на Python, вы можете запустить его из командной строки или из специализированной среды разработки, такой как PyCharm. Для запуска скриптов на других языках программирования также используются соответствующие среды разработки или интерпретаторы.

2. Для реализации возможности выполнения скрипта одновременно в двух отдельных окнах, обеспечивая работу каждого окна независимо от другого, можно использовать многопоточность или многопроцессорность. В языках программирования, поддерживающих многопоточность (например, Python, Java), можно создать два отдельных потока выполнения для каждого окна. В случае многопроцессорности (например, на языке C++ с использованием библиотеки MPI) можно создать два отдельных процесса для каждого окна. Каждый поток или процесс будет выполнять свой скрипт независимо от другого, обеспечивая параллельную работу двух окон.

Завист от того, как реализованы "действия" в каждом окне-игре. 
 Если дело на windows, то есть шанс, что окно воспримет за клик получение сообщение WM_MOUSEDOWN/WM_MOUSEUP. Тогда можно просто посылать сообщения в каждое окно параллельно отдельной программой. 
 Но для некоторых игр важно, чтобы окно было активно, а некоторые еще и детектируют кучу всего с мышью и надо именно что эмулировать движение мышью через mouse_event , например. Но, в этом случае мышь одна на оба окна, поэтому надо, чтобы оба "скрипта" посылали клики централизовано, через какой-то компонент с мьютексом, который бы вы полнял ровно одно действие в единицу времени. 
 
 Нажатия на клавиатуру обычно срабатывают просто через посылание сообщений окну, т.ч. тут все легко параллелизуется. 
 
 Нужные функции посылания сообщения и клика мышью - это winapi, но у него, по-моему, есть и обертка даже на питоне в модуле win32 и pyautogui.