Проблема, вероятно, заключается в том, что при использовании метода setFilter вы указываете конкретные категории, которые должны быть скрыты, а не отображены.
Для того чтобы при клике на фильтр отображались только объекты, соответствующие выбранным категориям или все объекты, если ничего не выбрано, вам нужно изменить свой код. Вместо того, чтобы скрывать объекты, вы можете показывать только те, которые соответствуют выбранным категориям.
Примерно так код должен выглядеть:
```javascript
function filterObjects(categories) {
if (categories.length === 0) {
objectManager.setFilter(null);
} else {
objectManager.setFilter(function (object) {
return categories.includes(object.properties.category);
});
}
}
```
Такой подход позволит отображать только объекты, соответствующие выбранным категориям, либо все объекты, если ничего не выбрано.
Если после этого изменения объекты по-прежнему скрываются, возможно, в проблема в другом месте вашего кода. Проверьте внимательно все условия и критерии, по которым определяется, должен ли объект быть скрыт или отображен.