Для настройки фильтра по местоположениям в таблице Bitrix\Sale\Location\LocationTable::getList вы можете использовать метод setFilter(), который позволяет указать условия фильтрации.
Например, если вы хотите отфильтровать местоположения по стране или региону, вы можете указать соответствующие условия в фильтре. Например, для фильтрации по стране вы можете использовать такой код:
```php
$filter = array(
'=TYPE.CODE' => 'COUNTRY',
'=NAME.NAME' => 'Название страны',
);
$locations = Bitrix\Sale\Location\LocationTable::getList(array(
'filter' => $filter,
))->fetchAll();
```
Аналогично, для фильтрации по региону, вы можете использовать условия вида "REGION":
```php
$filter = array(
'=TYPE.CODE' => 'REGION',
'=NAME.NAME' => 'Название региона',
);
$locations = Bitrix\Sale\Location\LocationTable::getList(array(
'filter' => $filter,
))->fetchAll();
```
Вам не обязательно формировать полную вложенность местоположений и делать проверку по ней. Просто укажите нужные условия фильтрации и получите выборку местоположений соответственно вашим критериям.