Смена API-токена не должна повлиять на номера бесед, поскольку эти номера уникальны для каждой беседы и не зависят от API-токена.
Ответ на ваш вопрос может зависеть от многих факторов, таких как структура вашего бота, методы взаимодействия с API и т. д. Возможно, есть ошибка в коде вашего бота, которая приводит к неправильному возврату значения id для группы. Рекомендуется внимательно просмотреть код бота и убедиться, что все правильно настроено для получения корректной информации о беседе. Возможно, также стоит проверить права доступа к группе и другие настройки API для достоверности получаемой информации.