Корнем дерева прототипов в JavaScript является значение `null`, а не `Object.prototype`, потому что `null` является самым базовым и простым значением в языке. В языке JavaScript объекты наследуют свойства и методы от своих прототипов, поэтому корнем наследования было решено сделать `null` для того, чтобы показать, что это самое начало цепочки наследования, и у объектов не обязательно должен быть прототип.
Тип `null` в JavaScript является объектом из-за исторических причин. При создании языка, разработчикам было необходимо предусмотреть механизм для представления отсутствующего значения или отсутствия ссылки на объект. Поэтому было решено использовать значение `null`, которое уже на тот момент было представлено как объект.
Таким образом, корень дерева прототипов в JavaScript был выбран как `null` для простоты и последующей возможности структурирования наследования объектов в языке.