Для разделения подключения JS файлов для разных HTML файлов, можно использовать функциональность модулей в JavaScript.
Для начала, в каждом из ваших JS файлов можно создать модуль с помощью ключевого слова `export`, например:
```javascript
// app.js
export function initIndexPage() {
// код для страницы index.html
}
// auth.js
export function initAuthPage() {
// код для страницы auth.html
}
```
Затем, в каждом из ваших HTML файлов можно подключить соответствующий JS файл как модуль, используя атрибут `type="module"` в теге `script`:
```html
<!-- index.html -->
<script type="module" src="app.js"></script>
<script type="module">
import { initIndexPage } from './app.js';
initIndexPage();
</script>
```
```html
<!-- auth.html -->
<script type="module" src="auth.js"></script>
<script type="module">
import { initAuthPage } from './auth.js';
initAuthPage();
</script>
```
Таким образом, код из файла `app.js` будет выполнен только на странице `index.html`, а код из `auth.js` - только на странице `auth.html`.
Если вы используете сборщик модулей, например, Vita, то он должен автоматически обрабатывать импорты модулей и объединять их правильно для каждой HTML страницы. В этом случае, вам не нужно беспокоиться о том, что все файлы JS объединяются в один app.js. Каждый модуль будет правильно подключен к соответствующей HTML странице.