Метод \CFile::MakeFileArray() в библиотеке Bitrix используется для создания массива файлов из переданных данных. Если этот метод не выполняет свою функцию в агенте, то возможно это связано с тем, что у агента нет доступа к файловой системе или есть некорректные пути.
Для исправления ошибки, связанной с вызовом \CFile::MakeFileArray() в агенте или командной PHP-строке, рекомендуется следующее:
1. Убедитесь, что передаваемые данные для создания массива файлов корректны и соответствуют ожидаемому формату.
2. Проверьте пути к файлам и убедитесь, что они корректно указаны в вашем коде.
3. Проверьте права доступа к файловой системе для агентов или скриптов, чтобы убедиться, что они имеют необходимые разрешения для работы с файлами.
4. Проверьте версию библиотеки Bitrix и обновите её до последней версии, так как возможно проблема исправлена в новых версиях.
Если после выполнения этих шагов проблема не будет решена, то рекомендуется обратиться к документации по библиотеке Bitrix или к сообществу разработчиков для получения дополнительной помощи и поддержки.