Если у вас запущен бесконечный скрипт, вы можете обращаться к базе данных через соединение, которое не закрывается после выполнения каждого запроса. Таким образом, вы сможете поддерживать соединение открытым и обращаться к базе данных в любой момент без необходимости повторного подключения.
Что касается ошибки 2006, она обычно возникает из-за того, что сервер MySQL закрывает соединение из-за превышения времени ожидания или другой причины. Для решения этой проблемы, можно попробовать увеличить таймаут соединения в настройках сервера MySQL или переподключаться к базе данных только при необходимости, а не после каждого опроса на наличие новых данных. Также полезно проверять состояние соединения перед выполнением каждого запроса, чтобы убедиться, что оно активно и не было закрыто сервером.