Нет конкретного кода предоставленного вами для оценки, но в целом, проблема может возникнуть из-за неправильной обработки иерархической структуры при импорте из файла.
Для корректного построения древовидной структуры из файла tree.txt с неоднозначной иерархией, вам может потребоваться рекурсивный алгоритм, который будет правильно определять родительские и подчиненные элементы на каждом уровне.
Вы можете попробовать прочитать файл tree.txt, создать древовидную структуру в памяти (например, с использованием словарей или списков), а затем использовать рекурсивный алгоритм для корректной вставки элементов на каждом уровне иерархии.
Пожалуйста, предоставьте больше информации или пример кода для более конкретного решения проблемы.