При добавлении margin-bottom у пустого элемента, он все равно будет занимать пространство на странице, равное значению margin-bottom. Даже если у элемента нет видимого содержимого или высоты равной нулю, margin-bottom все равно будет учитываться при рассчете позиционирования элемента.
Это происходит потому, что визуальный отступ (margin) применяется к внешним границам элемента, независимо от его содержимого. То есть, если задан margin-bottom: 400px, то элемент "отодвинется" от всех элементов под ним на это расстояние.
Если требуется, чтобы элемент с margin-bottom прижимался к верху и не занимал лишнего пространства, можно использовать свойство margin-top и задать ему нужное значение.