Проблема может возникать из-за того, что FSM в библиотеке python-telegram-bot реагирует на любое входящее событие по умолчанию. Чтобы исключить обработку сообщений, содержащих команды или определенные текстовые регулярные выражения, можно изменить условие входа в диалоговое окно `ConversationHandler`.
Одним из способов переформулирования условия входа может быть добавление дополнительной проверки перед началом обработки входящего сообщения. Например, можно проверить текст входящего сообщения на наличие команд или определенных регулярных выражений и в зависимости от этого либо продолжать обработку, либо пропускать его. В случае если сообщение содержит команду, можно проигнорировать его и не включать его в обработку FSM.
Таким образом, можно настроить FSM таким образом, чтобы исключить обработку сообщений, содержащих определенные команды или текстовые выражения.