Как выполнить команды Git в текущем каталоге репозитория?

1. Для выполнения команд Git в текущем каталоге репозитория, откройте терминал или командную строку и перейдите в каталог вашего проекта с использованием команды `cd path/to/project`.

2. После этого можно выполнять различные команды Git, такие как `git add`, `git commit`, `git push`, `git pull` и другие, непосредственно в текущем каталоге репозитория.

3. Если необходимо выполнить команды Git для вложенных папок и их репозиториев, то вам нужно будет перейти в соответствующую вложенную папку с использованием команды `cd path/to/subfolder` и затем выполнить нужные Git команды.

4. При работе с вложенными репозиториями внутри общей папки проекта, убедитесь, что Git понимает, какие изменения применяются к каким репозиториям, чтобы избежать конфликтов и нежелательного поведения. Рекомендуется также использовать специальные инструменты для работы с множеством репозиториев, такие как Git submodules или Git subtree.

Удалить папку .git в папке project и не страдать ерундой

Команды гита уже всегда применяются к текущему вложенному репозиторию. Но если выполнить команду git init внутри рабочего каталога существующего репозитория, то ничего не произойдет.  Так что скорее всего эти вложенные репозитории у вас не создались. 
 
 Если инициализировать репозиторий в другой папке где-то вовне репозитория, а потом её перенести внутрь project, тогда получите желаемое. 
 
 Но общий репозиторий будет игнорировать подкаталог вложенного репозитория. Это для вас наверное станет неожиданностью тоже.

git submodule же ... 
 добавьте в свой project репозиторий субмодули server, client, db Работайте в каждой папке как в независимом репозитории. Есть ньюанс, после коммита/пуша субмодуля, надо коммиттить/пушить основной репозиторий. 
 К сожалению мало сценариев использовал, всего несколько раз настроил и работал, уже и не упомню всех нюансов. 
 Надеюсь что коллеги, кто в теме, дополнят большей информацией. 
 P.S. git clone --recurse-submodules Развернет ваш проект со всеми вложенными репозиториями