Есть ли такой инструмент
Есть - написать скрипт.
Причём есть целых два пути.
1. пройти скриптом по профилям всех пользоватей, найти у каждого файл C:\Users\%USERNAME%\AppData\Roaming\1C\1CEStart\ibases.v8i
Там прописаны базы, подключенные у этого пользователя.
Взять только строки с путями к базам, собрать в один файл, отсортировать с удалением дублей.
Получим все базы, которые подключены хотя бы у одного пользователя. Но не получим те, которые нахрен никому не нужны. Минус в том, что базы могут быть подцеплены пользователям не только на терминальном сервере, но и на компьютерах пользователей, придётся морочиться с групповой политикой для сбора данных с разных компьютеров. В таком случае проще второй вариант.
2. пройти скриптом по всем дискам сервера и поискать файлы 1Cv8.1CD - это собственно основной файл информационной базы; ведём список путей, по которым их нашли, задача решена.