Для исправления предупреждения imagecreatefromjpeg(): gd-jpeg: библиотека JPEG, нужно убедиться, что ваш сервер поддерживает библиотеку GD и установить необходимые расширения PHP для работы с изображениями в формате JPEG. Также стоит проверить, что файл, который вы пытаетесь обработать, действительно является изображением в формате JPEG.
Чтобы настроить проверку типов файлов для конвертации в формат webp, вы можете использовать функцию getimagesize() для определения типа изображения перед его конвертацией. Например, вы можете сначала проверить, является ли файл изображением в формате JPEG, а затем только после этого производить конвертацию в формат webp. В случае, если файл не соответствует формату изображения JPEG, вы можете выдать ошибку или пропустить его обработку.