Для того чтобы учитывать каждое вхождение тела в зону, можно внести изменения в код. Например, можно создать переменную `entered` для каждого тела и устанавливать ее в значение `false` при входе в зону, после чего изменять на `true` при выходе из зоны. При повторном входе в зону, проверять значение переменной `entered` и учитывать очки только если это значение равно `false`.
Вот пример измененного кода:
```python
entered = {}
score = 0
def on_enter_zone(body_id):
global score
if entered.get(body_id, False):
return
score += 1
entered[body_id] = True
def on_exit_zone(body_id):
entered[body_id] = False
```
Таким образом, каждый раз при входе в зону переменная `entered` будет проверяться, и если тело уже находится в зоне, то очки не будут учитываться повторно.