Можно ли использовать один сервер для хостинга нескольких доменов?

Да, можно использовать один сервер для хостинга нескольких доменов. Для этого необходимо настроить веб-сервер (например, Apache, Nginx) так, чтобы он мог обрабатывать запросы для разных доменов и распределять их по соответствующим папкам или виртуальным хостам.

Чтобы настроить возможность брендирования своего приложения для клиентов, необходимо использовать механизмы мультидоменности. В зависимости от используемого языка программирования и фреймворка, возможно потребуется дополнительная настройка. Например, при использовании PHP и Laravel фреймворка, можно создать динамические поддомены для каждого клиента и маршрутизировать запросы в соответствии с выбранным доменом.

Если данные клиентов также хранятся на одном сервере, необходимо обеспечить изоляцию данных, чтобы каждый клиент имел доступ только к своим данным. Это можно сделать, например, путем использования различных баз данных или таблиц для каждого клиента или шифрованием данных клиента с уникальным ключом. Также важно обеспечить безопасность и защиту данных от несанкционированного доступа.

Серверу пофиг по какому домену он отвечает. соединение идёт по айпи адресу. Какому адресу соответтсвует тот или иной домен хранится в днс-сервере. 
 Можно сколько угодно доменных имен присвоить одному адресу вашего сервера. Дополнительной нагрузки вы от этого никакой не получите. 
 Единственное, что для описанной вами задачи важно, это по имени домена чтобы ваш сервер понимал какой контент отдать. 
 То есть обращние идет по айпи адресу, но имя домена все же передается в параметрах http-запроса. 
 Почитайте как работает HTTP протокол. 
 Вот вы можете на любые обращения к вашему серверу отвечать одним и тем же бэкендом, а он по имени домена из запроса будет понимать какой контент отдавать.