1. Необходимость повторного ввода пароля из .htpasswd файла может быть связана с тем, что сервер не сохраняет информацию о пользователе после первого ввода пароля. Это может быть вызвано настройками безопасности сервера или наличием сессий, которые не сохраняются после закрытия окна браузера.
2. Чтобы настроить двухфакторную аутентификацию перед входом в библиотеку сайта через прокси-сервер на Ubuntu, нужно прежде всего убедиться, что настройки прокси-сервера корректно передают данные аутентификации на веб-сервер библиотеки. Для этого необходимо просмотреть конфигурационные файлы прокси-сервера и виртуальной машины библиотеки.
3. Для устранения проблемы повторного запроса данных аутентификации можно попробовать настроить сохранение сессий на стороне сервера или использовать специальные аутентификационные методы, поддерживающие двухфакторную аутентификацию. Также стоит проверить настройки безопасности и совместимость прокси-сервера и виртуальной машины.