Существует ли программа, которая очищает папку AppData от остатков программ, которые уже были удалены?

Да, существует несколько программ, которые могут помочь в очистке папки AppData от остатков программ. Некоторые из них включают в себя CCleaner, Wise Disk Cleaner, BleachBit и другие. Эти программы обычно сканируют систему на наличие временных файлов, кэша, cookies и других ненужных данных, которые могут быть оставлены после удаления программ. Однако следует быть осторожным при использовании таких программ, так как они могут удалить данные, которые могут быть полезными для работы других программ или системы в целом. Поэтому перед использованием любой программы для очистки папки AppData рекомендуется сделать резервную копию данных.

нет конечно. 
 Каким образом какой-то левый софт знает как и где хранят данные другие программы? 
 Ладно еще написать прогу, которая чистит остатки мегапопулярных продуктов, типа ms office или касперский. 
 А сотни и тысячи более мелких программ? 
 А то, что постоянно появляется новое? 
 
 Такого софта даже быть не может. У каждого ПО свой инсталлер/деинсталлер, и качество "остатков" зависит от криворукости тех, кто писал инсталлер/деинсталлер