Как можно сохранить конфигурацию из FPGA Altera?

Для сохранения конфигурации из FPGA Altera с помощью программатора, вам потребуется использовать специальное программное обеспечение от производителя FPGA, например Quartus Prime.

Шаги по сохранению конфигурации из платы с FPGA Cyclone IV:

1. Подключите программатор к компьютеру и плате с FPGA.
2. Запустите Quartus Prime и выберите свой программатор в меню Tools -> Programmer.
3. В открывшемся окне Programmer выберите вашу FPGA и нажмите кнопку Auto Detect.
4. Произведите чтение (Read) конфигурационного файла с платы с помощью программатора.
5. Сохраните этот файл на вашем компьютере, чтобы в случае необходимости его можно было использовать для восстановления конфигурации.

Важно отметить, что без исходных файлов программы, использованных для прошивки FPGA, сохраненный конфигурационный файл будет бесполезным. Поэтому всегда рекомендуется хранить исходные файлы программы в безопасном месте.

1. На самом деле ничего не понятно из вопроса. Какой Ваш родной язык? Русский? Или нет? 
 2. Вы говорите "чип ремонтировать". Что это значит? Сам чип вы вряд ли сможете отремонтировать если вдруг с ним что то случиться. Скорее всего, вы можете поставить другой такой же чип. Или поставить другой не такой же чип. 
 3. Если Ваш вопрос заключается в том что Вам надо получить бинарный файл из имеющейся на плате микросхемы вроде EPCS16 - и при этом Вы пишите под ПЛИС - то вопрос может быть как очень простым так и очень сложным. Простым в случае если Вы используете оригинальную микросхему - смотрите даташит, пишите прошивку под ПЛИС для вычитывания данных - это тривиально. Может быть и микроконтроллером можно - но это не точно, так как ниже частОты. Однако существуют микросхемы, особенно китайские, из которых прочитать данные не так просто - либо потому что есть неявные проблемы либо потому что микросхемы в чуть-чуть "не том" включении глючат. Здесь Вам может помочь например самописный на ПЛИС анализатор того, что происходит на шине обмена между памятью и чипом. Либо попробуйте разместить вопрос с точным указанием микросхемы и проблемы которая возникает при чтении. Либо попробуйте заказать где нибудь подобную услугу. Иногда это не дёшево. Как и всё в ПЛИС впрочем. 
 4. Вы пишите что исходники потеряны. Возможно Ваш вопрос заключается в том "как мне получить исходники прошивки ПЛИС по имеющейся бинарной конфигурации ПЛИС". Это вопрос также и простой и сложный. Инструменты для этого существуют. Но они не автоматические - это что то вроде IDE в котором программист ПЛИС со множеством подсказок пишет код или исправляет сгенерированный код так, чтобы этот код мог быть синтезирован в заданный изначально список соединений (netlist) - который извлекается из бинарной прошивки ПЛИС (на этом шаге тоже есть некоторые подводные камни, и их много). Биты конфигураций ПЛИС Altera не являются общедоступной информацией. И стоят подобные действия очень много. Проводить их важно когда необходимо точное функциональное соответствие поведения исходников и оригинальной прошивки. Для большинства задач сильно дешевле нанять программиста ПЛИС который напишет всё заново.