Как преобразовать массив в формат JSON?

Для преобразования массива в формат JSON в JavaScript можно воспользоваться методом JSON.stringify():

```javascript
const arr = [1, 2, 3, 4, 5];
const json = JSON.stringify(arr);
console.log(json);
```

Чтобы улучшить код и создать объект JSON из классов с использованием специальных вставок в Visual Studio, можно воспользоваться шаблонами для создания объектов. Например, для класса Person:

```javascript
class Person {
  constructor(name, age) {
    this.name = name;
    this.age = age;
  }
}

const person = new Person('Alice', 30);
const json = `{"name": "${person.name}", "age": ${person.age}}`;
console.log(json);
```

Используя такой подход, можно создавать объекты JSON из классов с минимальным изменением кода и с помощью VS Code можно ускорить процесс, используя встроенную функцию автодополнения.

Ты записываешь данные в неинициализированные массив. 
 Т.е. у тебя каждый элемент внешнего массива - null . 
 
 Просто инициализируй их: 
 
var keyboard = new Inline_Keyboard[3][];
keyboard[0] = new Inline_Keyboard[1];
keyboard[1] = new Inline_Keyboard[2];
keyboard[2] = new Inline_Keyboard[2];
rootobject.inline_keyboard = keyboard;
 
 
 P.S. но лучше замени на List

Вы не инициализуете сами массивы (не содаете для них объекты типа Inline_Keyboard[]) нижнего уровня: rootobject.inline_keyboard[0] и rootobject.inline_keyboard[1]. Ну, и rootobject.inline_keyboard[2] тоже стоило бы создать IMHO.