Почему PhpStorm автоматически связывает независимые PHP файлы в одном проекте?

PhpStorm автоматически связывает файлы в проекте из-за его умения анализировать и связывать зависимости между файлами на основе использования функций, классов и переменных. Это помогает IDE предоставить подсказки и поддержку во время кодирования.

Чтобы избежать предупреждения о необъявленной функции test во втором файле (2.php), можно воспользоваться двумя способами:

1. Включить использование первого файла (1.php) во втором файле (2.php) с помощью require или include. Например:
```php
// 2.php
require '1.php'; // включаем первый файл
test(); // вызываем функцию test из первого файла
```

2. Использовать автозагрузку классов, если функция test находится в классе. Например, создать класс Test в первом файле (1.php) и зарегистрировать автозагрузчик классов:
```php
// 1.php
class Test {
    public function test() {
        echo 'test';
    }
}

// автозагрузка классов
spl_autoload_register(function ($class) {
    include $class . '.php';
});

// 2.php
$test = new Test();
$test->test();
```

Оба способа позволят избежать предупреждения о необъявленной функции test и правильно связывать файлы в проекте.

А почему там должно быть предупреждение? Может у вас где-то есть ещё файл 3.php 
 
<?php
include '1.php';
include '2.php';
 
 PHPStorm ведь не знает, как именно вы будете использовать эти файлы.