Это происходит, потому что при создании загрузочного диска Windows на флешке создается специальный раздел для хранения файлов загрузки и установки системы. Кроме того, при форматировании флешки для создания загрузочного диска могут быть выделены дополнительные разделы или пространство для файлов системы.
Таким образом, часть памяти флешки становится недоступной для обычного использования, поэтому ее емкость уменьшается. Это неизбежный процесс при создании загрузочного диска для Windows и является нормальным явлением.