CityzenUNDEAD , сообщение об ошибке означает, что у вас таки действительно кривые данные, а именно - есть минимум одна запись в RiskLevels со значением поля OrganizationControlId = 0, для которой в таблице OrganizationControl нет записи с таким же значением первичного ключа (как я понял - поля Id).
Вывести все такие записи из RiskLevels, которые ссылаются на отутствующие записи в OrganizationControl, можно SQL-запросом
SELECT * FROM RiskLevels WHERE OrganizationControlId!=ALL(SELECT Id FROM OrganizationControl)
И пока такие записи есть, наложить ограничение внешнего ключа не поле RiskLevels.OrganizationControlId у вас не получится. Ищите и разбирайтесь, что с этими записями делать.
PS Entity Framework - он шибко умный, он сам находит связанные друг с другом поля, сам добавляет поля для чего-нибудь типа первичного ключа и т.д. Так что не удивляйтесь, что EF умничает, а если не хотите этого - жестко его контролируйте.