На момент знаний до апреля 2023 года WebGL 3.0 ещё не был широко распространён и на самом деле не представлен как стандарт. Вероятнее всего вы имеете в виду WebGL 2.0, так как он является обновлением к более старой версии WebGL 1.0 и предоставляет больше возможностей для разработки 3D-графики в вебе.
По вопросу о модерации приложения на Яндекс.Играх важно отметить, что лучшим способом получить точную информацию будет обращение непосредственно к ресурсам Яндекс.Игр или к их службе поддержки, так как политика платформы и требования к приложениям могут меняться.
Тем не менее, WebGL 2.0 является принятым стандартом для большинства современных браузеров и должен быть совместим со многими платформами. Если в документации вашего движка указано, что он поддерживает экспорт игр с использованием WebGL 2.0, то в большинстве случаев нет причин, по которым игра на таком движке не прошла бы модерацию по техническим характеристикам.
Что же касается Яндекс.Игр, им может быть важно не только использование конкретной версии WebGL, но и другие аспекты, такие как стабильность работы приложения, его безопасность, соответствие содержания возрастным рейтингам и прочие критерии качества. Так что если ваша игра работает правильно и предоставляет пользователям качественный контент, то, скорее всего, версия WebGL не станет препятствием для размещения.
Чтобы быть уверенным в том, что ваше приложение будет принято, ознакомьтесь с актуальными требованиями и руководствами для разработчиков от Яндекс.Игр и, при необходимости, вы можете связаться с их технической поддержкой для получения конкретных рекомендаций.