Для создания комментариев и заметок в PHPStorm, которые не сохраняются в системе контроля версий, можно использовать плагин под названием `Code With Me`. Однако, стоит отметить, что главное предназначение `Code With Me` — это обеспечение совместной работы над кодом в реальном времени. Тем не менее, плагин позволяет участникам сеанса добавлять временные заметки и комментарии, которые видны только участникам сеанса, но не сохраняются в коде проекта, который находится под управлением системы контроля версий.
Если вам нужен инструмент именно для персональных заметок, которые не должны попадать в репозиторий, то к сожалению, на момент моего последнего обновления знаний (начало 2023 года), в PHPStorm не существует встроенного решения или популярного плагина, который бы предоставлял такую функциональность "из коробки". Поэтому рекомендации могут быть следующими:
1. Использовать внешние приложения для заметок (например, Evernote, OneNote, Notion и др.) и делать там пометки, соотнося их с определенными частями кода в PHPStorm.
2. Сохранять локальные заметки в отдельные файлы и добавить эти файлы в `.gitignore`, чтобы предотвратить их отслеживание Git'ом. Это могут быть, например, файлы с расширением `.notes` или `.md` (для Markdown формата).
3. Использовать функцию TODO комментариев PHPStorm, а для исключения загрязнения кода можно настроить отдельное регулярное выражение для TODO, которое будет исключать их из индексации и отображения. Например, использовать специальный тег в комментариях (например, `NOTODO`) и настроить PHPStorm на игнорирование таких комментариев при показе TODO-списка.
4. Для более сложных сценариев можно разработать свой собственный плагин для PHPStorm, который будет удовлетворять вашим конкретным потребностям.
К сожалению, перечисленные подходы не являются полноценными плагинами для комментирования, т.к. таковые на момент знания не имеются в списке доступных плагинов для PHPStorm.