Один из популярных инструментов для работы с видео и аудио на Linux - FFmpeg. FFmpeg является мощным и гибким инструментом командной строки, который позволяет объединять, конвертировать и сжимать видео и аудио файлы.
Для объединения видео и аудио файлов в один формат, например, mkv, вы можете воспользоваться следующей командой:
```
ffmpeg -i video.mp4 -i audio.mp3 -c:v copy -c:a copy output.mkv
```
Где `video.mp4` и `audio.mp3` - ваши исходные файлы, а `output.mkv` - имя итогового файла, который будет содержать объединенное видео и аудио.
Также, вы можете использовать FFmpeg для сжатия и конвертирования видео и аудио файлов в различные форматы. Например, чтобы сжать видео файл в формате mp4 с помощью FFmpeg, вы можете использовать следующую команду:
```
ffmpeg -i input.mp4 -c:v libx264 -crf 23 -c:a aac -b:a 128k output.mp4
```
Где `input.mp4` - ваш исходный файл, а `output.mp4` - имя сжатого файла. `libx264` и `aac` - кодеки для видео и аудио соответственно. `-crf 23` устанавливает качество видео (23 - стандартное качество), а `-b:a 128k` устанавливает битрейт аудио (128k - стандартный битрейт).
FFmpeg имеет множество опций и возможностей, поэтому вы можете настроить команды под свои нужды.