Файл .env не удаляется из репозитория GitHub, несмотря на его добавление в .gitignore, потому что файл .gitignore не работает ретроспективно.
Когда файл .gitignore добавляется в репозиторий, он применяется только к новым файлам и к изменениям в существующих файлах, которые еще не были добавлены в репозиторий. Если файл уже был добавлен в репозиторий до добавления его в .gitignore, он будет продолжать отслеживаться и сохраняться в репозитории.
Чтобы удалить файл .env из репозитория, необходимо его отменить отслеживание и удалить из истории коммитов. Это может быть сделано с использованием команды git rm --cached filename, где filename - имя файла, который нужно удалить из репозитория.