Это может происходить из-за нескольких причин:
1. Неправильная структура проекта: убедитесь, что файлы с FXML-файлами и классами контроллеров находятся внутри директории resources в вашем проекте.
2. Неправильные пути к файлам: убедитесь, что вы используете правильные пути при загрузке FXML-файла. Вместо использования абсолютных путей, рекомендуется использовать относительные пути от директории resources.
3. Отсутствие модулей JavaFX: начиная с Java 11, JavaFX упаковывается в отдельные модули, которые требуется указать в манифесте при создании jar-файла. Убедитесь, что в манифесте jar-файла присутствуют все необходимые модули JavaFX.
Чтобы настроить запуск jar-файла с JavaFX формой, вы можете использовать следующую команду:
```
java --module-path /path/to/javafx-sdk-11/lib --add-modules javafx.controls,javafx.fxml -jar yourApp.jar
```
Здесь `/path/to/javafx-sdk-11/lib` должен быть заменен путем к директории lib вашего установленного JavaFX SDK.
Убедитесь, что вы также указали правильную точку входа в манифесте (`Main-Class`).