Как осуществить изменение программы во время ее выполнения?

Во время выполнения программы изменить ее можно с помощью механизма рефлексии. Рефлексия позволяет получать информацию о классах, методах и полях во время выполнения программы, а также создавать объекты, вызывать методы и изменять значения полей.

В Java удаление определенной части программы после ее запуска является невозможным. Компиляция Java кода происходит в байт-код, который выполняется виртуальной машиной Java (JVM). Поэтому после компиляции и запуска программы, нельзя удалить ее часть или изменить ее структуру.

Переключение функционала с одного на другой обеспечивается с помощью ООП шаблонов <br/> например RCWP (Replace Condition With Polymorphism). <br/> <br/> А если нужно на ходу обновлять версию - то посмотри в документацию по ClassLoader и почитай <br/> еще про технологию OSGI.