Вероятно, причина заключается в том, что клавиша "win" биндится на нативные функции операционной системы и не передается в Virtualbox. У разных оконных менеджеров свои особенности в обработке клавиш.
Возможно, проблема решится через конфигурацию клавиатуры в настройках вашего оконного менеджера или в самом Virtualbox. Проблема также может быть связана с настройкам самого VirtualBox, к примеру, выбранной клавишей "хоста", которая может конфликтовать с клавишей "win".
Если вы используете Virtualbox, попробуйте сменить клавишу хоста в настройках:
1. Откройте настройки VirtualBox.
2. Перейдите во вкладку ввода (Input).
3. Измените клавишу "хоста" (Host Key) на что-нибудь отличное от клавиши Win.
Если это не помогает, возможно будет полезно изменить настройки оконного менеджера. Например, в KDE это можно сделать следующим образом:
1. Откройте системные настройки KDE (System Settings).
2. Перейдите в раздел "Персонализация" (Appearance).
3. Выберите "Горячие клавиши" (Hotkeys).
4. Найдите действие, связанное с открытием меню "Пуск", и измените или отключите его.
Также стоит убедиться, что включена функция "Автозахват клавиатуры" (Auto Capture Keyboard) в настройках VirtualBox.